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不合理的网站,如何注册一家网站建设公司,企业管理六大体系,wordpress批量修改引用网址联合物种分布模型#xff08;Joint Species Distribution Modelling#xff0c;JSDM#xff09;在生态学领域#xff0c;特别是群落生态学中发展最为迅速#xff0c;它在分析和解读群落生态数据的革命性和独特视角使其受到广大国内外学者的关注。在学界不同研究团队研发出…联合物种分布模型Joint Species Distribution ModellingJSDM在生态学领域特别是群落生态学中发展最为迅速它在分析和解读群落生态数据的革命性和独特视角使其受到广大国内外学者的关注。在学界不同研究团队研发出不同的联合物种模型其中由芬兰的Ovaskainen教授领导的团队研发的R语言程序包Hmsc发展势头最为强劲。Hmsc是物种群落分层模型的缩写(Hierarchical Modelling of Species Communities)它是一种基于贝叶斯统计的多元分层广义线性混和效应模型( A multivariate hierarchical generalized linear mixed model fitted with Bayesian inference)。该模型可以同时考虑物种多度、环境变量、系统发育信息、物种属性及时空数据是目前对于群落生态学各种数据利用最为充分的模型。它既可以对于单物种变量开展分析可替代贝叶斯广义线性混合效应模型又可以同时开展多物种群落水平分析将生态位假说、生物交互作用种间关联、物种扩散限制及物种属性和系统发育对物种分布的影响等进行综合考虑。本次课程将以Hmsc包为对象从群落生态学研究进展入手逐步介绍Hmsc包对于群落生态学假说的解读、Hmsc包开展单物种和多物种分析的技术细节及Hmsc包的实际应用具体案例。专题一夯实基础专题1R/Rstudio简介及入门【课前学习、提供学习资料】1R及Rstudio介绍背景、软件及程序包安装、基本设置等2R语言基本操作包括向量、矩阵、数据框及数据列表等生成和数据提取等3R语言数据文件读取、整理清洗、结果存储等含tidverse4R语言基础绘图含ggplot基本绘图、排版、发表质量绘图输出存储专题二群落生态学及数据统计分析概述1群落生态学发展和研究趋势简介2群落形成机制及物种装配规则Species Assemble Rules3群落生态数据类型、特点及准备4群落生态数据与群落生态学主要科学问题关联专题三联合物种分布模型Hmsc及群落数据贝叶斯统计1联合物种分布模型Hmsc贝叶斯统计简介2联合物种分布模型Hmsc参数估计MCMC3联合物种分布模型Hmsc参数及对应群落生态假说专题四单物种物种水平/单变量Hmsc贝叶斯统计1Hmsc程序包基本语法、参数选择、固定效应和随机效应设置、模型诊断等2Hmsc单变量贝叶斯估计VS 单变量brms包贝叶斯估计异同3Hmsc物种属性数据单变量贝叶斯估计案例4Hmsc物种有无01数据单变量贝叶斯估计案例5Hmsc计数数据多度单变量贝叶斯估计案例泊松分布、过度离散、零膨胀等6Hmsc混合效应模型固定效应混合效应空间自相关专题五多物种群落水平Hmsc贝叶斯统计模型1Hmsc多物种群落水平贝叶斯统计模型构建介绍2Hmsc低维多物种联合分布模型构建(1)模型构建、物种分布设置(2)解释变量引入环境筛(3)物种关联关系确定生物筛(4)模型诊断及性能评估3Hmsc高维多物种联合分布模型构建(1)模型构建、物种分布设置(2)物种性状、系统发育信息及环境变量引入(3)模型诊断及性能评估(4)模型调整先验分布、解释变量等、拟合和重评估(5)结果展示包括参数热图、种间关联、变差分解Variation Partitioning及排序潜变量等专题六Hmsc包群落生态数据分析高阶应用经典案例1Hmsc包开展群落数据联合物种分布模型分析通用流程Pipelines2Hmsc分析物种属性与环境关系案例3Hmsc分析响应变量为不同分布类型案例4Hmsc空间数据分析案例5Hmsc时间数据分析案例6Hmsc模型中环境变量、物种属性、系统发育、数据分层设置综合案例